基因扩增PCR实验室设计的核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
基因扩增PCR的日常维护保养工作：
1、样品池的清洗
先打开盖子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡样品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液体，用棉签吸干剩余液体，设定保持温度为50℃的PCR程序并使之运行，让残余液体挥发去除，一般5～10min即可。
2、热盖的清洗
对于荧光定量基因扩增仪，当有荧光污染出现，而且这一污染并非来自样品池时，或当有污染或残迹物影响到热盖的松紧时，需要用压缩空气或纯水清洗垫盖底面，确保样品池的孔干净，无污物阻挡光路。
3、仪器外表面的清洗
清洗JS-G基因扩增仪的外表面可以除去灰尘和油脂，但达不到消毒的效果，选择没有腐蚀性的清洗剂对基因扩增仪的外表面进行清洗。
4、更换保险丝
先将基因扩增仪关机，拔去插头，打开电源插口旁边的保险盒，换上备用的保险丝，观察是否恢复正常。