PCR技术是模拟体内DNA的天然复制过程，在体外扩增DNA分子的一种分子生物学技术，主要用于扩增位于两段已知序列之间的DNA区段。

在模块温度到达设定的变性温度之前，模块内的样品往往要一起经历加热的过程，此时Taq酶仍具有一定活性，部分的引物和模板会在酶的作用下进行非特异性的结合、延伸，消耗反应物， 导致特异性扩增减少。目前一般采用温控系统或使用特殊Taq酶避免此现象的发生，称之为热启动PCR。

 Long PCR（长片段PCR）则可以满足较长片段的DNA片段的扩增需求，常用Taq酶和Pfu酶混合使用并配以特殊的缓冲液，避免错误的dNTP加入到片段中。在正常10-15个循环之后，每一个循环的延伸时间都要上一次循环的延伸时间多出10秒左右，以此配合完成正确的延伸。

由于影响PCR效率的因素有很多，比如引物、退火温度，循环次数等，逐一验证选择最适条件会花费大量的时间及成本，因此，降落PCR是针对一系列不太的退火时间来考量的：退火温度的起始值高于T值15℃，每一个（或n个）循环后比之前的循环的退火温度都要低，直到温度等于或低于T值，此后，在低温环境下再进行几个循环，以此达到特异性扩增的目的。高温环境能使部分特异性结合发生，再降温，某些非特异性扩增已不具备优势，因此能够高效扩增。